Februarski BelgradeR meetup — Vizualizacija genomskih podataka uz pomoć t-SNE metode

Tema februarskog BelgradeR meetupa biće vizualizacija genomskih podataka uz pomoć t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) metode.

Predavač je Dušan Ranđelović, astrofizičar, bioinformatičar i vođa jednog od bioinformatičkih timova u kompaniji Seven Bridges.

Vizualizacija genomskih podataka

Tehnološki napredak u oblasti sekvenciranja ljudskog genoma omogućava nam da mnoge ćelijske procese kvantifikujemo brzo, jeftino i sa velikom preciznošću. Na primeru procesa transkripcije postiže se rezolucija do nivoa pojedinog gena (~ 20.000) svake pojedinačne ćelije u nekoj studiji. Izazov tumačenja ovako dobijenih i izvedenih podataka se u nekim slučajevima uspešno može rešiti t-SNE pristupom.

t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding

Za t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) se prvi put čulo 2008. godine kada su Lorens van der Marten i Džefri Hinton predstavili ovu tehniku u časopisu Journal of Machine Learning Research.

Ova tehnika mašinskog učenja se koristi za redukciju dimenzionalnosti podataka, a vizualizacija genomskih podataka je samo jedna od mogućih primena.

U R okruženju t-SNE je zastupljen sa nekoliko implementacija, a sama tehnika je centralna i nekim R/Bioconductor paketima. Pored R-a, t-SNE je prisutan u maltene svim relevantnim programskim jezicima.

Akcenat predavanja će biti na samoj metodi i njenoj upotrebi korišćenjem programskog jezika R, a tokom kratkog uvoda će biti objašnjeni neophodni bioinformatički pojmovi.

Prijava

BelgradeR meetup posvećen vizualizaciji genomskih podataka zakazan je za utorak 28. februar u 18:15 u prostorijama kompanije Seven Bridges (ulica Omladinskih brigada 90g).

Broj mesta je ograničen na 150 tako da je potrebno da svoj dolazak prijavite na BelgradeR Meetup grupi.