Radeći kao profesor na Harvardu, Kristensen je 1997. godine objavio revolucionarnu knjigu „Dilema inovatora“ (The Innovator’s Dilemma: When New Technologies Cause Great Firms to Fail) u kojoj je izneo svoju teoriju koju je nazvao podrivajuća inovacija, a koja će od tada imati jak uticaj na vodeće kompanije i zahvaljujući kojoj je za kratko vreme dobio status zvezde u oblasti menadžmenta.

Tokom narednih godina napisao je još desetak knjiga, ali nijedna nije imala takav odjek kao „Dilema inovatora“ u kojoj objašnjava kako kako novi i podrivajući pristupi inovaciji mogu da transformišu organizacije i pomognu u pronalaženju sasvim novih izvora razvoja.

Ono što je nju izdvojilo u moru naizgled sličnih knjiga je to što u njoj on nudi rešenje na tada često postavljano pitanje — zašto dominantne firme u određenim kategorijama izgube svoju poziciju izazivačima čiji proizvodi su naizgled lošiji i jeftiniji, kako se dogodilo da giganti poput Xerox-a, US Steel-a, Digital Equipment Corp-a posrnu, dok su druge tada manje kompanije počele da se razvijaju poput Amazon-a, Google-a, Apple-a koje i danas dominiraju na tržištu.

Njegov odgovor nije bio da su one zaostale u tehnološkom smislu, nego da su sve uradili onako kako je trebalo — pažljivo su slušali svoje najbolje kupce i ispunjavali njihove potrebe tako što su investirali u održivu tehnologiju koja je kupcima pružala uvećanje vrednosti. Problem je prema njegovom mišljenju bio u tome što su ih smernice „mudre poslovne prakse” sprečile u tome da investiraju u inovacije koje bi mogle sasvim da preokrenu njihovu industrijsku granu.

Koliko je njegova knjiga imala uticaja na razvoj mnogih kompanija u Silicijumskoj dolini govori i podatak da je bivši direktor Intel-a Adni Gruv ovu knjigu ocenio kao najvažniju koju je pročitao u poslednjih deset godina, a časopis Economist proglasio je ovu knjigu jednom od šest najbitnijih biznis knjiga ikada napisanih. Stiv Džobs je naveo da je Klejtonova knjiga ostavila “duboki uticaj” na njega, a uvrstio ju je na listu knjiga koje bi obavezno trebalo pročitati.

Na Harvardu je predavao izborni predmet koji je sam osmislio pod imenom Building and Sustaining a Successful Enterprise (Kreiranje i vođenje uspešnog preduzeća), nosilac je i pet počasnih doktorata, a bio je suosnivač firme Innosight koja se bavi konsaltingom u oblasti menadžmenta i investicija.

I pored ogromnih uspeha i nagrada koje je dobio tokom svoje karijere, ono što ostalo manje poznato javnosti bilo je njegovo loše zdravstveno stanje. Sa trideset godina dijagnostikovan mu je dijabetes tipa 1, a do svoje 60. godine pretrpeo je srčani i moždani udar i rak. Preminuo je u 67. godini u bolnici u Bostonu.