Kako (skoro) besplatno naučiti osnove bioinformatike — Kursevi, praktične vežbe i forumi

Za ulazak u polje koje spaja programiranje i biologiju potrebno je poznavanje obe oblasti, a neki kažu da je programerima lakše da nadograde znanje iz biologije, nego obratno.

Marija Gavrilov - 28. Jul, 2016.

Kada vam neko kaže da se bavi računarskom biologijom — proučavanjem biologije korišćenjem kompjuterskih alata — to znači da verovatno obavlja neki od ovih poslova: analizira podatke, razvija baze podataka, bavi se statistikom i bioformatikom, kreira matematičke modele, razvija softver.

Za ulazak u polje koje spaja programiranje i biologiju potrebno je poznavanje obe oblasti, a neki kažu da je programerima lakše da nadograde znanje iz biologije, nego obratno. No, ovo je nedokazani mit (lična iskustva u komentarima su i više nego dobrodošla).

U oba slučaja učenje je neizbežno, a sa brzim napretkom oblasti nužno je učiti konstantno kako biste bili u toku. Ako ste početnik i tek želite da uđete u vode računarske biologije, ili želite da osvežite znanje, predlažemo nekoliko izvora na kojima možete postati (bolji) računarski biolozi.

1. Rosalind

Rosalind će vam pomoći da savladate osnove programiranja, bioinformatičke analize i istražite algoritme na kojima se ova oblast zasniva. Jedinstvenost ove platforme ogleda se u učenju kroz rešavanje problema, a na samom početku možete odabrati jedan od nekoliko trackova u zavisnosti od vašeg nivoa znanja.

Probleme rešavate kao pravi bioinformatičari: preuzmete set podataka, napišete kod i debagujete ga, a kada ste spremni imate ograničeno vreme da odgovorite na pitanja — u slučaju da ne uspete, dobijate novi set podataka i pokušate ponovo.

Python Village će vas uvesti u osnove Pythona, čiju primenu u bioinformatici smo nedavno prikazali; Bioinfromatics Stronghold će vas upoznati sa osnovim algoritmima: računarskom spektrometrijom, dinamičkim programiranjem, sklapanjem genoma, verovatnoćom, string algoritmima, između ostalih; Bioinformatics Armory namenjen je onima koji algoritme već sami mogu da implementiraju.

Tu su još dve pomoćne opcije: Bioinformatics Textbook Track i Algorithmic Heights — kolekcije zadataka i vežbi koja će vam pomoći pri savladavanju trackova koje odaberete.

2. MOOC-ovi

Od avgusta počinje nekoliko zanimljivih online kurseva i sada je pravo vreme da prijavite svoje učešće.

Recimo, u okviru specijalizacije Journey to the Frontier of Computational Biology, počinju kursevi o DNK replikaciji, sekvenciranju genoma, poređenju gena, proteina i genoma, molekularnoj evoluciji, nauci o podacima u genomici i klasterovanju, pronalaženju mutacija u genomu i DNK.

Univerzitet u Torontu preko Coursere nudi predavanja o bioinformatičkim metodima kroz Bioinfromatic Methods I i II, a prvi deo počinje 8. avgusta.

Još jedan kurs koji može biti zanimljiv početnicima pripremio je prestižni Džon Hopkins univerzitet preko Coursere. Već 1. avgusta počinje Introduction to Genomic Technologies koji će obuhvatiti osnovne principe moderne genomike i alate koji se koriste u merenju i analizi.

Pored Coursere, preporučujemo da pretražite kurseve na edX, Udemy, Udacity i još 76 drugih MOOC provajdera.

3. Forumi

Dva vodeća foruma za bioinformatiku, računarsku genomiku i analizu podataka u biologiji su SEQanswers i BioStars. Oba foruma su otvorena za pitanja i komentare svih članova zajednice, bez obzira na nivo znanja i profesiju, i najbitnije — nema glupih pitanja.

O resursima za učenje programiranja smo pisali ranije, a o njima možete čitati ovde.

Rubrika biotehnologija je pod pokroviteljstvom Seven Bridgesa →